Le jeu utilise un système de points de contrôle qui enregistre automatiquement votre progression au fur et à mesure que vous jouez. Vous pouvez également sauvegarder manuellement une partie pendant le jeu en procédant comme suit :

1. Ouvrez le menu PAUSE dans le jeu.
   
2. Sélectionnez SAUVEGARDER.
3. Créez un nouvel emplacement de sauvegarde ou écrasez une sauvegarde existante.

Après avoir lancé le jeu, sélectionnez CONTINUER dans le menu principal pour reprendre le jeu à partir de votre dernière session de jeu.

Vous pouvez charger une partie sauvegardée en procédant comme suit :

1. Ouvrez le menu PAUSE dans le jeu.
   
2. Sélectionnez CHARGER.
3. Sélectionnez le fichier de jeu sauvegardé auquel vous souhaitez jouer.

Si votre jeu sauvegardé a été corrompu, vous devrez supprimer le fichier de sauvegarde du jeu à partir du menu système de la console et revenir à un fichier de sauvegarde plus ancien. Si vous n'avez pas d'ancienne sauvegarde, ou si le jeu n'a qu'une seule sauvegarde, vous devez supprimer la sauvegarde et recommencer.

Remarque : Activision ne peut garantir le fonctionnement des systèmes utilisant du matériel tiers, y compris, mais sans s'y limiter, les cartes mémoire, les manettes, les puces et les câbles.

Après avoir accompli la mission finale et terminé le jeu, « NEW GAME + » vous permet de commencer une nouvelle partie en conservant toute la progression de votre personnage. 

Le jeu utilisera toujours le dernier fichier de sauvegarde pour « NEW GAME + ». Suivez ces étapes pour commencer une nouvelle partie avec la progression de votre personnage de fin de partie :

1. Chargez le fichier de sauvegarde où vous avez terminé la mission finale et enregistrez à nouveau le jeu.
   
2. Lancez « NEW GAME + ». La nouvelle partie utilisera la progression du personnage à partir de ce fichier de sauvegarde.

Pour résoudre ce problème, vous devrez ouvrir la roue des pouvoirs et réaffecter les pouvoirs que vous souhaitez utiliser.

Initialement disponible en tant que Pack DLC séparé, Colossal Mayhem est inclus dans Prototype 2 sur PlayStation 4 et Xbox One. Il n'est pas nécessaire d'échanger de code ou de le télécharger séparément pour accéder à ce contenu.

Colossal Mayhem comprend le contenu suivant :

• Arme « Thermobaric Boomstick » - Crée une grande explosion thermobarique.
  
• Trois apparences jouables :
  • « Test Subject » pour Heller
  • « Infected » pour Heller (le dialogue d'Heller est remplacé par des grognements)
  • « Infantry » pour Heller
• Trois pouvoirs multiplicateurs de force :
  • « Warp Vortex » : attrapez un objet, lancez-le, et tous les autres objets à proximité graviteront vers lui, puis seront projetés vers l'extérieur.
  • « Anti-Gravity Field » : l'interaction du joueur provoque une microgravité localisée pour les objets affectés (ils commencent à flotter dans l'air).
  • « Airtime » : appuyez sur un bouton pendant que vous planez pour obtenir une portance supplémentaire et permettre à Heller de planer éternellement.

Initialement disponible en tant que Pack DLC séparé, Excessive Force est inclus dans Prototype 2 sur PlayStation 4 et Xbox One. Il n'est pas nécessaire d'échanger de code ou de le télécharger séparément pour accéder à ce contenu.

Excessive Force comprend le contenu suivant :

• Lance-grenades « Viral Infector » : crée un nuage toxique qui infecte tous ceux qui se trouvent à proximité de l'explosion (transforme les humains en infectés).
• Trois apparences jouables :
  • « Armored » pour Heller
  • « Agile Armor » pour Alex Mercer
  • « Zombie » pour Mercer (le dialogue d'Heller est remplacé par des grognements)
• Trois pouvoirs multiplicateurs de force :
  • « Shockwave » : en sautant, les objets plus légers autour d'Heller s'envolent dans les airs.
  • « Chaos » : transforme le monde entier en une zone de guerre infectée (cet objet n'est pas un pouvoir).
  • « Medusa’s Wrath » : tue instantanément les ennemis avec un laser en forme de globe oculaire.