El juego utiliza un sistema de puntos de control de autoguardado del progreso. También puedes guardar de forma manual mediante estos pasos:

1. Abre el menú de PAUSA.
   
2. Selecciona GUARDAR.
3. Crea una nueva ranura de guardado o sobrescribe en una que ya tengas.

Al abrir el juego, selecciona CONTINUAR en el menú principal para seguir con la última partida que guardaste.

Puedes cargar una partida guardada haciendo lo siguiente:

1. Abre el menú de PAUSA.
   
2. Selecciona CARGAR.
3. Selecciona una partida a la que quieras jugar.

Si el guardado está corrupto, deberás eliminar el archivo de juego guardado del menú del sistema de la consola y volver a un archivo de juego guardado más antiguo. Si no tienes un guardado anterior, o el juego solo tiene un guardado, tendrás que eliminar el guardado y comenzar de nuevo.

Nota: Activision no puede garantizar la funcionalidad de los sistemas que utilizan hardware de terceros, como tarjetas de memoria, mandos, chips, cables u otros.

Tras completar la misión final del juego, NEW GAME + te permite comenzar de nuevo con todas las características que tenía el personaje con el que terminaste el juego. 

El juego siempre utilizará el último archivo de guardado para NEW GAME +. Sigue estos pasos para comenzar el juego de nuevo con tu personaje avanzado.

1. Carga el archivo de guardado en el que completaste la última misión del juego y vuelve a guardar.
   
2. Selecciona NEW GAME +. El progreso de tu personaje se mantendrá.

Para solucionarlo, tendrás que abrir el menú de poderes y volver a asignarlos.

Originalmente disponible como un pack DLC individual, el DLC de Colossal Mayhem va incluido en Prototype 2 para PlayStation 4 y Xbox One. No se obtiene mediante un código ni se necesita una descarga adicional para acceder al contenido.

Colossal Mayhem incluye lo siguiente:

• Arma "Thermobaric Boomstick" - Crea una gran explosión.
  
• Tres skins:
  • Heller Test Subject
  • Infected Heller (El diálogo de Heller ahora son gruñidos)
  • Infantry Heller
• Tres poderes "Force Multiplier":
  • Wrap Vortex - Agarra un objeto, tíralo y todos los demás objetos cercanos gravitarán hacia él y luego lo arrojarán.
  • Anti-Gravity Field - La interacción del jugador provoca microgravedad localizada para los objetos afectados (comienzan a flotar en el aire).
  • Airtime - Presiona un botón mientras te deslizas para ganar elevación adicional y permitir que Heller se deslice para siempre.

Originalmente disponible como un pack DLC individual, el DLC de Excessice Force va incluido en Prototype 2 para PlayStation 4 y Xbox One. No se obtiene mediante un código ni se necesita una descarga adicional para acceder al contenido.

Excesive Force incluye lo siguiente:

• Lanzagranadas Viral Infector - Crea una nube tóxica que infecta a todos los que están cerca de la explosión (convierte a los humanos en infectados).
• Tres skins:
  • Armored Heller
  • Agile Armor Alex Mercer
  • Zombie Mercer (El diálogo de Heller ahora son gruñidos)
• Tres poderes "Force Multiplier":
  • Shockwave - Saltar haceq que los objetos más ligeros alrededor de Heller vuelen por los aires.
  • Chaos - Convierte el mundo entero en una zona de guerra infectada (este elemento no es un poder).
  • Medusa’s Wrath - Mata instantáneamente a los enemigos con un láser ocular.