Debido al multiverso fracturado creado por Neo Cortex y el Dr. N. Tropy, Crash y sus amigos serán lanzados por toda la línea temporal. Los niveles del juego están divididos en 10 dimensiones, y cada una tiene su propio tiempo y lugar.
- Isla N. Sanity (actualidad)
- Planicies Peligrosas (2084)
- Embarcadero Salino (1717)
- Cataratas de la tranquilidad (1402)
- Ciénaga Cénzalo (hace unos días)
- La 11.ª dimensión (1954)
- Dimensión Eggipus (88 millones a. C. B.)
- Órbita de Bermúgula (???)
- La dimensión Sn@xx (3032)
- Isla Cortex (1996)
También hay cuatro tipos de nivel distintos que se pueden jugar dentro de cada dimensión.
- Ruta principal: estos son los niveles principales en los que se desarrolla la historia general de Crash y sus amigos.
- Jefe: cada dos dimensiones te encontrarás un nivel de lucha contra jefe. Tienes que derrotar al jefe para seguir progresando.
- Línea temporal: tras completar algunos niveles de la ruta principal, desbloquearás una línea temporal alternativa, unos niveles secundarios que se juegan con personajes que no son Crash ni Coco.
- Salto al pasado: consigue cintas de Salto al pasado en los niveles de la ruta principal para desbloquear saltos al pasado, unos niveles adicionales que se juegan con la perspectiva clásica del desplazamiento lateral.