A causa della frattura del multiverso provocata da Neo Cortex e dal Dr. N. Tropy, Crash e la sua banda verranno catapultati ovunque nella linea temporale. I livelli nel gioco sono divisi in 10 dimensioni, ciascuna collocata in un tempo e uno spazio specifici.
- Isola N. Sanity (oggi)
- Le lande perigliose (2084)
- Porto salato (1717)
- Cascate della tranquillità (1402)
- Pantano delle zanzare (qualche giorno fa)
- L'undicesima dimensione (1954)
- La dimensione Eggipus (88 milioni di anni prima di C.B.)
- Orbita di Bermugula (???)
- La dimensione Sn@xx (3032)
- Isola Cortex (1996)
In ciascuna dimensione si possono giocare anche quattro diversi tipi di livelli.
- Percorso principale: questi sono i livelli principali lungo i quali si sviluppa la storia di Crash e dei suoi amici.
- Boss: ogni due dimensioni, ti imbatterai in un livello con una battaglia boss. Per poter continuare devi sconfiggere il boss.
- Linea temporale: dopo aver completato alcuni livelli del percorso principale, sbloccherai una linea temporale alternativa, vale a dire livelli aggiuntivi da giocare con personaggi diversi da Crash e Coco.
- Flashback: raccogli i Nastri flashback nei livelli del percorso principale per sbloccare i Flashback, vale a dire livelli aggiuntivi giocati con la classica visuale a scorrimento laterale.