Comme le multivers est fracturé par la faute de Neo Cortex et du Dr N. Tropy, Crash et son équipe vont tout le temps changer de ligne temporelle. Les niveaux du jeu sont divisés en 10 dimensions, chacune se déroulant dans son propre espace-temps.
- Île N. Sanity (de nos jours)
- Terres sauvages (2084)
- Quai marin (1717)
- Chutes de la tranquillité (1402)
- Marais des moustiques (il y a quelques jours)
- La 11e dimension (1954)
- Dimension Œufdipienne (88 millions d'années avant C.B.)
- Orbite de Bermugula (???)
- Dimension Sn@xx (3032)
- Île Cortex (1996)
Il y a également quatre types de niveaux différents auxquels vous pouvez jouer dans chaque dimension.
- Chemin principal : ce sont les principaux niveaux qui permettent de progresser dans l'histoire de Crash et de ses amis.
- Boss : toutes les deux dimensions, vous allez jouer un niveau dans lequel vous combattez un boss. Vous devez battre le boss pour continuer à progresser.
- Ligne temporelle : après avoir terminé certains niveaux du chemin principal, vous débloquez une ligne temporelle alternative, des niveaux secondaires auxquels vous jouez avec d'autres personnages que Crash et Coco.
- Flashback : collectez les cassettes de Flashback sur le chemin principal pour débloquer des Flashbacks, des niveaux secondaires auxquels vous jouez en perspective de défilement latéral classique.