Chaque niveau du chemin principal et des lignes temporelles a une zone bonus, à laquelle vous ne pouvez accéder qu'en trouvant et en vous tenant sur une plateforme marquée d'un point d'interrogation jaune.
- Chaque zone bonus contient un certain nombre de Wumpa et de caisses à collecter.
- Elle consiste en une sorte d'énigme courte que le joueur doit résoudre pour parvenir à casser toutes les caisses et à collecter tous les Wumpa de la zone bonus.
- Quand vous mourez dans une zone bonus, vous ne perdez pas de vie (en mode Rétro), et vous réapparaissez juste devant le point d'entrée de la zone bonus.
Il y a également quatre gemmes colorées secrètes cachées dans le jeu. Lorsque vous en collectez une, une zone bonus spéciale est débloquée dans un autre niveau.
