In jedem Hauptweg- und Zeitstrahl-Level gibt es einen Bonusbereich, den du betreten kannst, indem du die Plattform mit einem gelben Fragezeichen findest und dich darauf stellst.
- Jeder Bonusbereich enthält eine bestimmte Menge an Wumpas und Kisten, die du dort sammeln kannst.
- Der Spieler muss ein kurzes Rätsel lösen, um alle Kisten aufzubrechen und alle Wumpas im Bonusbereich zu sammeln.
- Wenn du innerhalb eines Bonusbereichs stirbst, verlierst du kein Leben (im Retro-Modus) und steigst kurz vor Betreten des Bonusbereichs wieder in den Level ein.
Außerdem sind im ganzen Spiel vier geheime Farbedelsteine versteckt. Wenn einer davon gesammelt wird, wird ein besonderer Bonusbereich in einem anderen Level freigeschaltet.