メインとなるステージとタイムラインのステージには、それぞれボーナスエリアが存在します。黄色いハテナマークの書かれた足場を探し、その上に立つとボーナスエリアに移動できます。
- 各ボーナスエリアには一定数のリンゴと箱が配置されています。
- すべての箱を壊してリンゴを集めるには、ちょっとしたパズルのような工程をこなさなければなりません。
- レトロモードでプレイしている場合、ボーナスエリアでKOとなってもライフは減らず、ボーナスエリア直前の地点へと戻ります。
また、ゲーム内のどこかに全部で4個のひみつのカラーダイヤが隠されています。1個回収するごとに、カラーダイヤ獲得とは別のステージにある特別なボーナスエリアが解除されます。
