Cada nivel de ruta principal y línea temporal tiene una zona adicional a la que se puede acceder encontrando la plataforma con un signo de interrogación amarillo y subiéndose a ella.
- Dentro de cada zona adicional hay un número determinado de Wumpa y cajas que puedes conseguir.
- Incluye una breve secuencia tipo puzle que el jugador debe resolver para romper todas las cajas y conseguir toda la Wumpa de la zona adicional.
- Cuando mueras dentro de una zona adicional, no se gastará una vida (en modo Retro) y reaparecerás en el lugar del nivel situado justo antes de entrar en la zona adicional.
Además, hay cuatro gemas de colores secretas ocultas en el juego. Cuando consigas una de ellas, se desbloqueará una zona adicional especial en otro nivel.