Ogni livello del percorso principale e della linea temporale ha un'area bonus, a cui è possibile accedere trovando e attivando la piattaforma con un punto interrogativo giallo.
- Ogni area bonus contiene un determinato numero di Wumpa e casse da raccogliere.
- Presenta una breve sequenza simile a un puzzle che il giocatore deve risolvere per poter rompere tutte le casse e raccogliere tutti i Wumpa nell'area bonus.
- Se muori in un'area bonus, non perderai una vita (in Rétro) e riprenderai dal punto del livello di fronte all'accesso all'area bonus.
Inoltre, ci sono quattro gemme colorate segrete nascoste nel gioco. Quando ne raccogli una, viene sbloccata un'area bonus speciale in un altro livello.
