Cada fase do caminho principal e da linha do tempo tem uma rota bônus que pode ser acessada encontrando a plataforma com um ponto de interrogação amarelo nela e ficando em pé sobre ele.
- Cada rota bônus contém um número definido de wumpas e caixas dentro delas para se coletar.
- Apresentam uma curta sequência de charadas que o jogador deve resolver para quebrar todas as caixas e coletar todos os wumpas na rota bônus.
- Quando você morre dentro de uma rota bônus, essa vida não é descontada (no retrô), e você retorna a um local da fase um pouco antes da entrada da rota bônus.
Além disso, existem quatro joias coloridas secretas que estão escondidas ao longo do jogo. Quando uma delas é coletada, uma rota bônus especial ´é liberada em outra fase.
